学位论文不是一项任务，而是文献综述、研究设计、伦理审查、数据分析、图表和若干章节的组合，而且这些部分必须彼此一致。学生最容易卡在这里：开题报告里的功效分析和结果章用的检验对不上，或者图里出现了研究方案中根本没有的随访时间点。本文在 Neutropic 中把一项真实感的学位论文研究从头走到尾。每个阶段都列出学生输入的提示词、得到的结果，以及拿给导师看之前要检查的地方。
研究问题是：为期 4 周的心率变异性（HRV）生物反馈训练能否降低大学生的感知压力（PSS-10）？整个过程都在 示例 · 研究工作流 这个只读示例项目里，任何账号都能从 我的资料库 打开。它是一个对话、十个回合，并用网站的四种语言各运行了一次。下文引用的内容和数字来自中文运行。各语言版本得出的设计略有不同，这也提醒我们：产出物终究要自己读、自己核对。
开始之前：一项研究一个项目
为每项研究（或每一章）新建一个项目（我的资料库 旁边的文件夹按钮），所有阶段都在项目里进行。项目会汇集三样东西：
- 项目内对话生成的所有产出物。报告、图、表、稿件集中在一处，之后的消息里可以用 @ 提及 其中任何一个。
- 项目记忆。 一旦确定了某件事（"主要结局是 PSS-10""对照组采用常速呼吸"），之后的对话都会以此为前提。示例中每个回合开头都有一行 Applied n decision(s) settled in other chats of this project，点开就能看到具体用了哪些决定。
- 你上传的文件：数据、PDF、导师的批注。
下面逐个回合来看。每个阶段都有单独的详细介绍，这里只给链接，不再重复。
第 1 阶段 — 文献综述
/research 请在论文数据库(OpenAlex、PubMed、Crossref、Semantic Scholar、Europe PMC)和网络上调研以下主题，并整理研究时间线、关键发现、里程碑研究和未来方向：心率变异性(HRV)生物反馈能否降低成年人的感知压力？ 聚焦随机对照试验并报告效应量。
得到的是一份综述报告，每句话都带有指向实际检索到的来源的编号引用。同时生成文献筛选表、研究时间线、引用网络图和思维导图。这里找到的元分析和多臂 RCT 是后面每个阶段的参照。
给导师看之前： 支撑你论点的三四篇论文要亲自打开，确认论断与原文一致。报告是文献的地图，不能代替阅读。详细介绍：文献综述。
第 2 阶段 — 假设
/hypothesis 基于本会话收集的 HRV 生物反馈与感知压力文献，绘制研究空间地图，列出空白与相互矛盾的发现，并生成按新颖性、合理性和可检验性排序的可检验假设，每条附理由和来源。
返回研究空间地图、文献中的空白与矛盾，以及排好序的可检验假设，每条都附有理由和来源。示例里这一步是分析之后的第六个回合；真正写论文时，请在文献综述之后立刻运行，因为你采纳的假设会成为设计中的主要结局。检查 所选假设指向的是你确实能采集到的测量指标。详细介绍：假设。
第 3 阶段 — 实验设计
/experiment-design 请设计一项两组随机实验，检验为期 4 周的 HRV 生物反馈训练相比主动对照组能否降低大学生的感知压力(PSS-10)。以相关研究的做法为依据，产出包含参与者、测量、流程和功效分析的设计报告。
设计报告是整个项目里复用次数最多的文档。中文运行给出了 H1–H3 三条假设，每条都写明检验方法。设计为 2 组 × 2 时间点（前测、第 4 周后测）的混合设计，采用 1:1 区组随机化。干预组每天佩戴 PPG 传感器配合 App 做 15 分钟慢节律呼吸并获得实时反馈；对照组听同等时长的心理健康微课，佩戴外观相同的传感器但不提供反馈。报告还包括测量指标（PSS-10、静息 RMSSD、HF 与 LF/HF、STAI-S、依从性）、纳入与排除标准、样本量、显著性水平，以及每个设计选择的依据和来源。随报告一起生成功效曲线、流程图、预期结果图（标明不是实测数据）和参考研究设计对比表。
详细介绍：实验设计。
从设计到预注册和伦理审查（IRB）申请
多数预注册模板（OSF、AsPredicted）和伦理审查表问的核心问题差不多，设计报告已经回答了其中很多：
- 假设： 区分主要与次要假设，每条都写明检验方法。
- 设计与分组： 两组平行，1:1 区组随机化，分配隐藏。
- 样本量： 功效分析写明了假设（d = 0.50、α = .05、功效 .80、前后测相关 r = .50），得出每组 64 人；按约 15% 脱落计，计划招募 150 人。
- 测量： 工具名称、测量内容、分数范围。
- 入组标准： 纳入与排除标准，以及每条排除标准的理由。
- 分析计划： 主要分析模型和显著性水平。
- 流程： 从筛选到后测的流程图，可导出后放进申请材料。
设计报告 不包含 各机构特有的内容：知情同意书与受试者说明、风险与获益评估、数据管理与存储、受试者补偿、以及招募材料。这些需要你自己写。你可以在同一对话里追问，例如 根据 @experiment_design.md 起草一份通俗易懂的受试者说明，但结果只能当作草稿，按本单位伦理委员会的模板修改。
提交之前，检查三件事。 第一，功效分析和分析计划说的是不是同一个检验。示例中功效分析假设的是变化分数的两样本 t 检验，而 H1 用 ANCOVA（或混合方差分析）检验。这可以解释，但评审一定会问。第二，报告中标为"无来源"的依据条目只靠惯例而非证据，要逐条确认。第三，核实"双盲"之类的说法。生物反馈试验的参与者通常能察觉自己在哪一组。
第 4 阶段 — 数据分析
先上传数据（输入框的 + 按钮；支持 CSV、XLSX、SPSS .sav 等，最大 1 GB），再输入：
/analyze 请检查上传的 pss_trial.xlsx(两组，PSS-10 前测/后测)。核查数据质量与基线平衡，计算变化分数，并交付带图的可复现分析报告。
得到缺失值与重复检查、基线平衡（年龄和前测 PSS-10 的检验）、正态性检验、变化分数和图表。生成这些结果的代码都在 可复现性 按钮里。示例文件是 80 人（每组 40 人）的演示数据，比设计要求的 128 人少。用自己的数据时，检查 报告中的 N 与入组记录一致，剔除也按预注册的规则进行。详细介绍：数据分析。
第 5 阶段 — 统计
/stats 请用 pss_trial.xlsx 检验生物反馈组的 PSS-10 下降是否大于对照组。识别设计、检查假设、选择并论证检验方法，并报告效应量及其 95% 置信区间和实际功效。
报告从识别设计、检查假设、选择检验一路走到效应量，并做了敏感性分析。演示数据上，两组 PSS-10 降幅差异显著，Cohen's d ≈ 1.23。
给导师看之前： 用观测效应算出的"实际功效"不会告诉你 p 值之外的任何信息。值得报告的是敏感性分析，也就是按你的 N 能检测到的最小效应。还要确认你报告的检验就是预注册的那个。详细介绍：统计。
第 6 阶段 — 图与插图
/figure 请为本会话设计的实验绘制可编辑的矢量研究流程图：招募 → 筛选 → 随机分组 → HRV 生物反馈(4 周) vs 主动对照 → 后测(PSS-10) → 3 个月随访。使用期刊模板。
/illustrate 请为方法图绘制 HRV 生物反馈实验装置的科学插图：一名坐着的参与者佩戴胸带式 ECG 传感器和指尖 PPG 传感器，跟随笔记本电脑上的呼吸节奏显示进行呼吸。半扁平风格，白色背景。
流程图是真正的矢量图。用 在工作区中编辑 可以移动方框、修改标签，并导出为 SVG、PNG、PDF 或 PPTX。检查 每张图都与设计一致。这条提示词要求画 3 个月随访，而中文设计报告只有前测和后测。这种不一致很容易漏掉，答辩委员却很容易发现。生成插图里的文字标签也要校对，图中的英文标签可能出现拼写错误。详细介绍：图表。
第 7 阶段 — 撰写章节
/write 请根据本会话中的文献、设计和分析撰写稿件的方法与结果部分，每一处论断都要绑定到引用或本会话的结果。
稿件依据的是会话中的产出物，而不是模型的记忆。结果部分的数字来自统计报告，引用来自筛选过的文献，图放在正文首次讨论它的位置，末尾附编号参考文献列表。
给导师看之前： 每个数字都与统计报告核对，每个 [n] 都与对应论文核对。然后用自己的话重写。答辩委员会读的是那一版。在面板的下载按钮里可以导出为 DOCX、LaTeX、PDF 或 Markdown。详细介绍：论文写作。
第 8 阶段 — 报告审查
/report-review 请独立评审本会话撰写的稿件 — 论断、方法、统计、引用证据和可复现性 — 并撰写按优先级排列的评审报告。
报告审查相当于第二位读者：用数据重新计算统计结果，逐条对照论断和出处，并按优先级列出问题。在别人读到之前，先把这里的问题改掉。详细介绍：报告审查。
第 9 阶段 — 论文评审
/peer-review 请按 Applied Psychophysiology and Biofeedback 期刊的标准对本会话中撰写的稿件进行评审：期刊简介与投稿规定、相似论文、五位评审人评分、编辑决定、修改指南和推荐期刊。
论文评审再现投稿流程：目标期刊简介与投稿规定、该刊发表过的相似论文、五位打分的评审人、编辑决定（中文示例稿件为小修）、修改指南和备选期刊列表。
它是用来预演评审的，不是用来预测结果的。修改指南也可以当作把初稿交给答辩委员会之前的待办清单。详细介绍：论文评审。
实用建议
- 一项研究一个项目。 学位论文里有三项研究，就建三个项目。产出物和记忆不会混在一起，每章的来源也能追溯。
- 用 @ 提及，别重复解释。 在输入框输入
@选择之前的产出物，例如按照 @experiment_design.md 修改方法部分。 - 把决定说清楚。 记忆保存的是对话中真正确定下来的内容。明确说一句（"PSS-10 的入组阈值定为 14"），之后的对话最可靠地遵循。
- 上传真实材料。 你的数据、导师批注过的 PDF、期刊的作者须知。智能体只能用它读得到的东西。
- 留意令牌。 示例的十个回合在 Basic 级别、Gemini 3.8 Flash 下大约用了 160 万到 200 万托管令牌。Free 套餐每月约 300 万、每日上限约 75 万，所以在 Free 上请把这样的工作流分几天完成。付费套餐的两个上限都更高，还能使用高级模型。详见套餐与令牌。
Neutropic 起草和检查，作者是你
学校关于 AI 辅助的规定优先。请先读规定，并告诉导师你是怎样使用这个工具的。Neutropic 让每一步都可以检查：引用指向实际检索到的来源，统计结果附带生成它的代码，报告审查会重新核对数字。这让核查更容易，但判断仍在你。想法、决定、最终文本以及相应的责任都属于你。只引用你读过的论文，也不要提交任何你在答辩中无法为之辩护的段落。
从我的资料库打开 示例 · 研究工作流，读完全部十个回合，然后新建自己的项目，用你自己的问题开始第一阶段。
